Introduction
Bromodomains regulate gene expression in trypanosomatids by recognizing acetylated lysine residues, primarily in histones. Known as "reader" epigenetic proteins, they act as scaffolds to assemble macromolecular complexes that interact with chromatin. In T. cruzi, genes are organized and transcribed in a polycistronic manner, and expression depends on the degree of chromatin compaction. In this Dataset, we characterized one of the 8 bromodomains, TcBDF6. We used CRISPR/Cas9 to generate the mutant strain Dm28cBDF6-/-. This strain enabled us to investigate the bromodomain, revealing a highly interesting phenotype characterized by decreased in vitro infectivity and no intracellular replication.
Dataset Content and File Organization
This dataset contains the experiments corresponding to the raw data and analyzed data with the strains:
- DM28c (wild strain)
- BDF6-/+ (hemizygous mutant strain)
- BDF6-/- (homozygous mutant strain)
- BDF6-/- pBDF6 (complemented or addback strain)
In this dataset, there are three parts ordered in three general folders:
1. Description of the phenotype from the mutant strain
- Epimastigotes growth curves: This folder contains two files, one from raw data of the Growth curve RawData_Growth curve epimastigotes.txt and the other file AnalyzedData_Growth_curve_epimastigotes.pzf with the graphics, statistics, and tests.
- Dormancy assays: This folder contains two files, one from raw data of the dormancy assay RawData_Dormancy_assay.txt and the other named Dormancy_assay_graphs.pzfx with the graphics, statistics, and tests.
- Quantification of the area of epimastigotes: this section has raw data of the quantification of areas measured and with the file format .txt for each strain, and we also add the file Quantification_analyzed_data_Areas_of_epimastigotes.pzfx.
- Expansion microscopy from epimastigotes and trypomastigotes: in this section, there are files from expansion microscopy of epimastigotes in the file format .czi (confocal microphotographs, stained with NHS-ester and DAPI)
- Cell cycle analysis of epimastigotes by flow cytometry: analyzed data of cell_cycle.pzfx
- Oxidative Stress Assays: analyzed data from oxidative stress assay in the file oxidative_stress.pzfx
2. In vitro Cell infection with T.cruzi strains
- Percentage of infected cells and amount of amastigotes in the cells: the raw data file is quantification of infection.tab and the analyzed file is Analyzedata_invitro_infections.pzfx
- Colocalization of amastigotes and lysosomes: raw data from this assay with the file format .oib
3. Mice infection
- In this section, we exposed the results from Parasite burden in vivo, detection of Parasite Burden in tissues, qPCR quantification of parasite load in blood and Antibody quantification by ELISA in mouse sera. All the results are shown in only one file named In_vivo_infections_BDF6.pzfx
Each assay folder contains:
- Raw data (format file: e.g.,
.csv, .xls, .oib or .czi)
- Analyzed data including graphical representations and statistical analyses (format file: e.g.,
.pzf)
Value of the data
Chagas disease, caused by the protozoan parasite Trypanosoma cruzi, affects millions worldwide, with increasing urban cases emerging beyond Latin America. Current treatments rely on two drugs: benznidazole and nifurtimox, which have limitations, especially in chronic cases. This study highlights the critical role oTcBDF6, a bromodomain protein, in the infection phenotype of T. cruzi. Experimental findings reveal that intracellular amastigotes fail to replicate effectively when host cells have reduced or absent TcBDF6 expression. By identifying TcBDF6 as a key regulator of gene expression during the amastigote stage, this research enhances our understanding of T. cruzi biology. The findings provide a foundation for developing innovative therapeutic strategies to combat Chagas disease. (2024-12-20)
Introducción
Los bromodominios regulan la expresión génica en tripanosomátidos al reconocer residuos de lisina acetilada, principalmente en histonas. Conocidas como proteínas epigenéticas "lectoras", actúan como andamios para ensamblar complejos macromoleculares que interactúan con la cromatina. En T. cruzi, los genes se organizan y transcriben de manera policistrónica, y la expresión depende del grado de compactación de la cromatina. En este conjunto de datos caracterizamos uno de los 8 bromodominios, TcBDF6. Utilizamos CRISPR/Cas9 para generar la cepa mutante Dm28cBDF6-/-. Esta cepa nos permitió investigar el bromodominio, revelando un fenotipo altamente interesante caracterizado por una disminución en la infectividad in vitro y ausencia de replicación intracelular.
Contenido del conjunto de datos y organización de archivos
Este conjunto de datos contiene los experimentos correspondientes a datos crudos y analizados con las siguientes cepas:
- DM28c (cepa silvestre)
- BDF6-/+ (cepa mutante hemicigota)
- BDF6-/- (cepa mutante homocigota)
- BDF6-/- pBDF6 (cepa complementada o "addback")
El conjunto de datos se organiza en tres partes distribuidas en tres carpetas generales:
- Descripción del fenotipo de la cepa mutante
- Curvas de crecimiento de epimastigotes: carpeta con dos archivos, uno con datos crudos
RawData_Growth_curve_epimastigotes.txt y otro con datos analizados AnalyzedData_Growth_curve_epimastigotes.pzf (gráficos, estadísticas y pruebas).
- Ensayos de latencia: carpeta con
RawData_Dormancy_assay.txt (datos crudos) y Dormancy_assay_graphs.pzfx (datos analizados).
- Cuantificación del área de epimastigotes: archivos en formato
.txt con datos crudos de cada cepa, más un archivo analizado Quantification_analyzed_data_Areas_of_epimastigotes.pzfx.
- Microscopía de expansión en epimastigotes y tripomastigotes: archivos en formato
.czi (microfotografías confocales teñidas con NHS-éster y DAPI).
- Análisis del ciclo celular de epimastigotes por citometría de flujo: datos analizados
cell_cycle.pzfx.
- Ensayos de estrés oxidativo: datos analizados en
oxidative_stress.pzfx.
- Infección celular in vitro con cepas de T. cruzi
- Porcentaje de células infectadas y número de amastigotes por célula: datos crudos
quantification_of_infection.tab y archivo analizado Analyzedata_invitro_infections.pzfx.
- Colocalización de amastigotes y lisosomas: datos crudos en formato
.oib.
- Infección en ratones
Incluye resultados de carga parasitaria in vivo, detección de parásitos en tejidos, cuantificación por qPCR en sangre y cuantificación de anticuerpos por ELISA en suero de ratones. Todos los resultados están reunidos en un único archivo In_vivo_infections_BDF6.pzfx.
Cada carpeta de ensayos contiene:
- Datos crudos (ej.:
.csv, .xls, .oib, .czi)
- Datos analizados incluyendo representaciones gráficas y análisis estadísticos (ej.:
.pzf)
Valor de los datos
La enfermedad de Chagas, causada por el protozoario Trypanosoma cruzi, afecta a millones de personas en el mundo, con un aumento de casos urbanos más allá de América Latina. Los tratamientos actuales se basan en dos fármacos: benznidazol y nifurtimox, los cuales presentan limitaciones, especialmente en fases crónicas. Este estudio destaca el papel crítico de TcBDF6, una proteína de bromodominio, en el fenotipo infeccioso de T. cruzi. Los hallazgos experimentales revelan que los amastigotes intracelulares no logran replicarse eficazmente cuando las células hospedadoras tienen expresión reducida o ausente de TcBDF6. Al identificar a TcBDF6 como regulador clave de la expresión génica durante la etapa de amastigote, esta investigación amplía la comprensión de la biología de T. cruzi. Los resultados brindan una base para el desarrollo de nuevas estrategias terapéuticas innovadoras contra la enfermedad de Chagas. |
